【論文掲載】計画班C01の東北大学・川又生吹助教らの研究成果が,CBI Journal に掲載されました.

2021.04.30

Yudai Yamashita1 , Kotaro Watanabe1 , Satoshi Murata1 , Ibuki Kawamata(2021)Web Server with a Simple Interface for Coarse-grained Molecular Dynamics of DNA Nanostructures,CBIJ Vol.21 pp.28-38

DNAナノ構造体の粗視化分子動力学シミュレーションを行うウェブプラットフォームを開発しました。
本研究の最大の利点は、ウェブページとして実装された簡易なインターフェースにより、シミュレーションの専門家でなくても、パラメーターの設定や解析結果の確認を容易に行えることです。
プラットフォームを使うためには、まずユーザーが、DNAナノ構造体の一種であるDNAオリガミを設計するソフトウェア(caDNAno)のファイルをウェブサーバーにアップロードします。
すると、ウェブサーバーにおいて様々なスクリプトが自動的にファイルの変換などを行った後、DNAナノ構造体の粗視化分子動力学シミュレーター(oxDNA)が実行されます。
シミュレーション結果はサーバーにおいて自動的に解析され可視化されますので、ユーザーはしばらく待つだけで、ウェブブラウザから視覚的に情報を得ることが可能です。
本プラットフォームは、DNAナノ構造体設計の研究を加速させ、将来的には、機能の優れた分子ロボットの開発へと応用されることが期待されます。